Fundacje rodzinne są co do zasady zwolnione od podatku dochodowego od osób prawnych. Zwolnienie nie dotyczy jednak dochodów z działalności gospodarczej, która wykracza poza zakres określony w art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej (wtedy fundacja płaci 25% podatek dochodowy). Jako zakres dozwolony (nieopodatkowany) wskazano m.in. przystępowanie do spółek handlowych, funduszy inwestycyjnych, spółdzielni oraz podmiotów o podobnym charakterze, mających swoją siedzibę w kraju albo za granicą, a także uczestnictwo w tych spółkach, funduszach, spółdzielniach oraz podmiotach.
Problem pojawia się w sytuacji, w której fundacja przystępuje do zagranicznej spółki transparentnej podatkowo (tj. takiej, która nie rozlicza podatku, a robią to jej wspólnicy). Zdaniem urzędów skarbowych, zagraniczne podmioty transparentne podatkowo nie podlegają opodatkowaniu od całości swoich dochodów bez względu na miejsce ich osiągania w państwie siedziby, a więc nie są podobne do polskich spółek handlowych. To oznacza, że fundacja rodzinna, która stanie się ich wspólnikiem, powinna płacić 25% CIT od dochodów z tego tytułu. Podobne stanowisko wyrażają niektóre wojewódzkie sądy administracyjne.
Czasami jednak sądy administracyjne przedstawiają stanowisko bardziej przychylne polskim fundacjom rodzinnym (tak m.in. wyrok WSA w Łodzi z 15 maja 2024 r., I SA/Łd 178/24). Zdaniem sądu, aby stwierdzić, czy zagraniczny podmiot jest podobny do polskiej spółki handlowej, nie należy oceniać tego faktu na gruncie podatkowym, tj. nie ma znaczenia, czy podmiot ten jest opodatkowany podatkiem dochodowym czy też jest transparentny podatkowo.
Kluczowa jest ocena przepisów prawa handlowego danego kraju. Jeśli wynika z nich, że dany podmiot ma odrębny status od swoich wspólników, to należałoby uznać, iż jest on „podobny” do polskiej spółki handlowej, a więc polska fundacja rodzinna, która do niego przystąpi, może korzystać ze zwolnienia podatkowego.