Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 17 maja 2022 r., sygn. akt II FSK 2222/19, potwierdził, że za koszty kwalifikowane na potrzeby ulgi B+R, uznaje się wydatki na zakup usług podwykonawców nabywanych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej, jak również na zakup usług doradczych tylko i wyłącznie wtedy, gdy zostaną one nabyte na podstawie umowy od jednostek naukowych. Tym samym za koszty kwalifikowane nie można uznać wydatków na zakup usług podwykonawców nabywanych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej, jak również na zakup usług doradczych, które mogą być zawarte z innymi podmiotami nie będącymi jednostkami naukowymi – orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.
Orzeczenie ma swoje początki we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej złożonym przez podatnika będącym producentem systemów nośnych dla przemysłu energetycznego, telekomunikacyjnego oraz dla kabli pneumatycznych, wodnych itp. Współpracuje w zakresie prac badawczo-rozwojowych z jednostkami naukowymi w rozumieniu ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki (dalej: „u.z.f.n.”) oraz podmiotami świadczącymi wsparcie w dziedzinie techniki, technologii itp., które nie posiadają statusu jednostek naukowych, tj. prywatnymi instytutami badawczymi, laboratoriami jednostkami certyfikującymi czy kontrolnymi o wysokiej renomie w Polsce i na świecie.
Jak wskazał podatnik, nabywane ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi od podmiotów niebędących jednostkami naukowymi są niezbędne do przeprowadzenia prac badawczo-rozwojowych przedsiębiorcy, a ich wykorzystanie w realizowanej działalności badawczo-rozwojowej jest potwierdzane w formie pisemnej dokumentacji projektów badawczo-rozwojowych (tworzonej dokumentacji projektowej). W związku z tym przedsiębiorca zadał pytanie, czy do kosztów kwalifikowanych wymienionych rodzajowo w art. 26e ust. 2 akt 3 ustawy o PIT w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2017 r., może zaliczyć wydatki na zakup ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych, świadczonych lub wykonywanych przez podmioty inne niż jednostki naukowe w rozumieniu u.z.f.n. Zdaniem podatnika takie wydatki można uznać za koszty kwalifikowane.
Innego zdania był Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej. W interpretacji indywidualnej z dnia 2 marca 2018 r. sygn. 0114-KDIP3-1.4011.28.2018.1.ES organ uznał stanowisko podatnika za nieprawidłowe. Dyrektor KIS stanął na stanowisku, że za koszty kwalifikowane opisane w art. 26e ust 2 pkt 3 ustawy o PIT. nie można uznać wydatków na zakup usług podwykonawców nabywanych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej, jak również na zakup usług doradczych, które mogą być zawarte z innymi podmiotami, nie będącymi jednostkami naukowymi w rozumieniu u.z.f.n.
Podatnik nie podzielił zdania organu i złożył skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, a następnie do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał, że dla uznania za koszty kwalifikowane wydatków na ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, nie było konieczne do końca 2017 r., aby wykonywały je lub świadczyły jednostki badawcze.
Innego zdania był jednak Naczelny Sąd Administracyjny. NSA zwrócił uwagę, że system prawa podatkowego w Polsce jest rozproszony w wielu aktach normatywnych. Dowodem tego jest również niniejsza sprawa oparta o odesłania prawne do przepisów ustaw innych niż podatkowe. Wymaga to od podatników, organów i sądów, czynienia większej precyzji przy dokonywaniu wykładni przepisów prawa podatkowego, niż pozostawania przy wyłącznie wykładni językowej (gramatycznej). Ustalenie bowiem intencji ustawodawcy jest możliwe tylko wtedy, gdy dostrzegając wątpliwości treści przepisów, z której wywodzi się normę, sięga się także do wykładni celowościowej i systemowej. Nie stanowi to wówczas korygowania unormowań podatkowych, lecz jest wyrazem współodpowiedzialności i ochrony zasad przyjętych w systemie prawa podatkowego.
Zdaniem NSA, ustawodawca użył łącznika „a także” podkreślając konieczność otrzymania świadczenia na podstawie umowy z jednostką naukową w odniesieniu do wszystkich wskazanych elementów, czyli ekspertyzy, opinii, usług doradczych, usług równorzędnych i w końcu nabycia badań naukowych na potrzeby prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej. W związku z tym stanowisko przedsiębiorcy, że do kosztów kwalifikowanych wymienionych rodzajowo w art. 26e ust. 2 pkt 3 ustawy o PIT w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2017 r., można zaliczyć wydatki na zakup ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych, świadczonych lub wykonywanych przez podmioty inne niż jednostki naukowe w rozumieniu u.z.f.n. należało uznać za nieprawidłowe jako wykraczające poza sens i cel wprowadzonego do obrotu prawnego normy. Ponadto NSA wskazał, że zmiana konstrukcji przepisu art. 26e ust. 2 pkt 3 ustawy o PIT, która nastąpiła po 1 stycznia 2018 r. nie zmieniła dotychczasowej intencji ustawodawcy, która była jednakowa przed jak i po zmianę przepisu.
Biorąc pod uwagę powyższe, Stanowisko NSA w negatywny sposób rozwiewa wszelkie wątpliwości podatników, zarówno w stanie prawnym sprzed 1 stycznia 2018 r. jak i w nowym brzmieniu ustawy.
