Dochody fundacji rodzinnej z dywidend są zwolnione z CIT. Jednak mimo tego, spółki wypłacające te dywidendy nie zostały formalnie zwolnione z obowiązku poboru zryczałtowanego podatku dochodowego (art. 26 ust. 1 CIT). Ta nieścisłość może prowadzić do sytuacji, w której płatnik mimo zwolnienia pobierze podatek, a następnie fundacja będzie musiała ubiegać się o zwrot nadpłaconego podatku.
Jak wynika z powyższego, istnieje sprzeczność pomiędzy intencją ustawodawcy, który chciał ułatwić fundacjom rodzinnym zarządzanie majątkiem, a obowiązkiem płatników do poboru podatku. Z uwagi na brak spójności w przepisach i wiążącego stanowiska Ministerstwa Finansów, zalecane jest zwrócenie się o interpretację podatkową, która mogłaby wyjaśnić te kwestie.