Sądy administracyjne coraz częściej stają w obronie interesów podatników korzystających z ulgi IP BOX. Od początku funkcjonowania ulgi organy skarbowe wypracowały niekorzystną praktykę, która charakteryzowała się uchylaniem przez DKIS od udzielania wyjaśnień czy dana aktywność podatnika stanowi działalność B+R. W wyroku z 23 listopada 2021 r. (sygn. II FSK 1049/21) NSA stwierdził, że podatnik który ma wątpliwości, czy jego działalność spełnia cechy działalności B+R, ma prawo ubiegać się o potwierdzenie swojej tezy u dyrektora KIS, a ten powinien wydać stosowną opinię o spełnieniu ustawowych wymogów do uznania działalności za działalność B+R.
Dotychczasowe orzecznictwo wojewódzkich sądów administracyjnych również jest korzystne dla podatników. Przykładowo WSA z Gorzowa Wielkopolskiego (sygn. I SA/Go 115/20) skrytykował uzależnienie wydania pozytywnej interpretacji od realizacji obowiązku bieżącego i prawidłowego wyodrębniania przychodów i kosztów dotyczących kwalifikowanego IP, jednocześnie wskazując, że wnioskodawca dotychczas nie prowadził ewidencji. WSA oparł swoje stanowisko na objaśnieniach MF wskazując, że nienależyte prowadzenie ewidencji to takie jej prowadzenie, które uniemożliwia określenie prawidłowej podstawy opodatkowania stawką 5%. Jeśli jednak ewidencja spełnia powyższe wymogi na dzień dokonania rozliczenia, to nie można jej uznać za prowadzoną w sposób nieprawidłowy. W odniesieniu do rzekomego wymogu prowadzenia bieżącej ewidencji sąd wskazał na przepisy ustawy o rachunkowości, które stanowią, że księgi rachunkowe uznaje się za prowadzone bieżąco, jeżeli pochodzące z nich informacje umożliwiają sporządzenie w terminie obowiązujących jednostkę sprawozdań, w tym deklaracji podatkowych oraz dokonanie rozliczeń finansowych. Zatem, jeśli ewidencja umożliwi sporządzenie w terminie deklaracji podatkowej, nie można jej uznać za nieprawidłową. Sąd wskazał również, że przepisy dotyczące IP Box obowiązują od stycznia 2019 r., a przywołane objaśnienia MF zostały opublikowane w połowie lipca 2019 r. W związku z tym część podatników dopiero w tym momencie mogła racjonalnie podjąć ostateczną decyzję o skorzystaniu z ulgi oraz uzyskaniu zgodnie z sugestią MF pozytywnej interpretacji. Pogląd ten został również podzielony przez WSA w Warszawie (IIISA/Wa2359/20), który dodatkowo wskazał, że zarówno do ksiąg rachunkowych jak i ewidencji, najistotniejsza jest sprawdzalność i prawidłowość informacji.
