W związku z prowadzeniem działalności badawczo-rozwojowej podatnikom przysługuje ulga polegająca na odliczaniu od podstawy opodatkowania części kosztów uzyskania przychodów poniesionych na ten rodzaj działalności – tzw. „kosztów kwalifikowanych”, niezależnie od tego, że wydatki te już wpłynęły na podstawę opodatkowania (obniżyły ją) jako koszty uzyskania przychodów.
Z początkiem 2018 r. korzystanie z tej ulgi stało się jeszcze bardziej atrakcyjne, w wyniku zmian wprowadzonych ustawą z dnia 9 listopada 2017 r. o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej (zmiana m.in. ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych – art. 18d – 18e). Znowelizowane przepisy wprowadzają nowe kategorie kosztów kwalifikowanych oraz podnoszą maksymalną wysokość kosztów kwalifikowanych podlegających odliczeniu.
Mechanizm ulgi polega na tym, że podstawa opodatkowania jest pomniejszana o koszty, które zostały zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, a dotyczyły w szczególności (koszty kwalifikowane):
1) wynagrodzeń pracowników w części związanej z działalnością badawczo-rozwojową oraz związanych z nimi składek na ubezpieczenia społeczne,
2) wynagrodzeń z tytułu umów zlecenia lub o dzieło w części związanej z działalnością badawczo-rozwojową,
3) nabycia materiałów i surowców bezpośrednio związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową,
3) nabycia niebędącego środkami trwałymi sprzętu specjalistycznego wykorzystywanego bezpośrednio w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej (w szczególności naczyń i przyborów laboratoryjnych oraz urządzeń pomiarowych);
4) ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych, świadczonych lub wykonywanych na podstawie umowy przez jednostkę naukową w rozumieniu ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki, a także nabycia od takiej jednostki wyników prowadzonych przez nią badań naukowych, na potrzeby działalności badawczo-rozwojowej,
5) odpłatnego korzystania z aparatury naukowo-badawczej wykorzystywanej wyłącznie w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, jeżeli to korzystanie nie wynika z umowy zawartej z podmiotem powiązanym w rozumieniu art. 11 ust. 1 i 4 ustawy CIT,
6) określonych kosztów uzyskania i utrzymania patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy lub prawa z rejestracji wzoru przemysłowego.
Podatnicy posiadający status centrum badawczo-rozwojowego w rozumieniu ustawy z dnia 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej mają prawo uznać za koszty kwalifikowane, także:
1) odpisy amortyzacyjne od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, w tym odpisy amortyzacyjne od budowli, budynków i lokali będących odrębną własnością wykorzystywane w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej (z wyłączeniem samochodów osobowych)
2) koszty, o których mowa wyżej w pkt 4 (dot. ekspertyz, opinii etc.) ponoszone na rzecz podmiotów innych niż jednostki naukowe.
Dla podatników posiadających status centrum badawczo-rozwojowego, kwota podlegająca odliczeniu nie może przekroczyć 100% lub 150% kosztów kwalifikowanych. Wysokość ta zależy od rodzaju kosztu i statusu podatnika (mikro, mały, średni lub pozostały przedsiębiorca).
Mając na uwadze wynikające z ustawy prawo do odliczenia od podstawy opodatkowania poniesionych kosztów uzyskania przychodów oraz dodatkowe odliczenie z tytułu ulgi B+R, w przypadku podatników posiadających status centrum badawczo-rozwojowego, możliwe będzie odliczenie realnie aż 250% poniesionych kosztów. Jest to zatem dodatkowe pomniejszenie podstawy opodatkowania z tego samego tytułu, z którego dany koszt został już zaliczony do kosztów uzyskania przychodów.