Ulga na innowacyjnych pracowników stanowi uzupełnienie ulgi badawczo-rozwojowej (B+R). Preferencja polega na tym, że niewykorzystaną za poprzedni rok kwotę ulgi B+R odlicza się od bieżących zaliczek na PIT pobranych od wynagrodzeń pracowników i innych osób zatrudnionych (np. na umowie zlecenia czy na podstawie umowy o dzieło). Co istotne, osoby te muszą być bezpośrednio zaangażowane w działalność badawczo-rozwojową.
Krótko mówiąc, pracodawca pobiera zaliczki na PIT w standardowej wysokości, lecz do urzędu skarbowego wpłaca niższą kwotę (różnica stanowi korzyść dla pracodawcy).
Z przepisów wynika, że uprawnienie do pomniejszenia zaliczki przysługuje „począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie” (chodzi o zeznanie roczne CIT). Mogłoby się wydawać, że pracodawca ma prawo pomniejszyć zaliczki na PIT wpłacane już w kwietniu danego roku, za miesiąc poprzedni (marzec).
Organy skarbowe uważają jednak, że odliczenie przysługuje dopiero miesiąc później. Przykładowo Dyrektor KIS w interpretacji z dnia 26.01.2024 r. (0111-KDIB1-3.4010.653.2023.1.MBD) wskazał, że „ulgą będą objęte zaliczki, począwszy od zaliczek pobranych w następnym miesiącu po złożeniu zeznania, a nie zaliczek, których termin przekazania na rachunek urzędu skarbowego przypada do 20. dnia miesiąca następującego po miesiącu złożenia zeznania”.
