Ministerstwo Finansów zapewnia, że będzie weryfikować niekorzystne interpretacje indywidualne wydawane w ostatnim czasie przez Dyrektora KIS.
Organ uznawał bowiem w interpretacjach dotyczących estońskiego CIT, że spółka powinna zamknąć rok podatkowy i sporządzić sprawozdanie finansowe, a dopiero potem złożyć zawiadomienie ZAW-RD o wyborze opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek. Podatnicy w głównej mierze postępowali na odwrót, tj. najpierw składali zawiadomienie ZAW-RD, a dopiero potem sporządzali sprawozdanie finansowe.
Kwestionowanie ww. działania przez organ mogło spowodować, że spółki nie miały prawa rozliczać się estońskim CIT, powinny były płacić podatek dochodowy na zasadach ogólnych, a co za tym idzie powinny zapłacić zaległy podatek wraz z odsetkami.
W odpowiedzi na burzę prasową Ministerstwo Finansów zapewnia jednak, że przepisy nie modyfikują terminu na sporządzenie sprawozdania finansowego ani nie wymagają, aby było ono sporządzone przed złożeniem zawiadomienia ZAW-RD. MF będzie więc zmieniał te interpretacje, które jego zdaniem były nieprawidłowe, a Dyrektor KIS powinien już wydawać nowe orzeczenia zgodnie z linią interpretacyjną Ministerstwa.